Fort des leçons tirées de la pandémie de COVID-19, l’Afrique se mobilise pour renforcer sa surveillance épidémiologique et anticiper les futures menaces. Le Dr Joseph Fokam, virologue-épidémiologiste, revient sur les conclusions du projet EXPANDIA et expose les stratégies novatrices que les pays africains comptent mettre en œuvre pour gagner en autonomie et protéger leurs populations.

Dr Joseph Fokam, pourriez-vous nous éclairer sur le contexte dans lequel le Cameroun a intégré le Projet EXPANDIA ?

Le monde entier a été confronté à la pandémie de COVID-19, et l’Afrique a également été durement touchée. Alors que le taux de létalité mondial s’est établi à 0,9 %, l’Afrique a enregistré un taux de 2,1 %. Cela signifie qu’en termes de ratio entre le nombre de cas confirmés et le nombre de décès, l’Afrique a été le continent le plus affecté. Dans ce contexte, le Cameroun, où le taux de létalité était légèrement inférieur, à savoir 1,6 %, travaille en réseau avec d’autres pays africains afin de tirer les leçons de la COVID-19. L’objectif est de mieux se préparer contre toute future pandémie grâce à ces enseignements. Ainsi, au Cameroun, le Centre International de Référence Chantal Biya, qui a été l’un des laboratoires de référence pour les tests moléculaires de la COVID-19 et pour la surveillance génomique des différents variants, a été désigné comme pôle national pour participer au projet EXPANDIA. Ce projet vise la surveillance de tous les futurs virus émergents présentant un risque pandémique.

Combien de pays africains ont participé aux travaux de ce projet ?

Nous avons collaboré avec dix pays africains dans le cadre de ce projet. À la fin de celui-ci, nous nous sommes réunis à Yaoundé pour évaluer l’ensemble des réalisations et en tirer des enseignements pour les programmes de santé publique en Afrique, ainsi que pour la poursuite de la collaboration au sein de ce réseau.

Quels sont les principaux enseignements du Dialogue de clôture qui s’est tenu à Yaoundé du 12 au 14 mai 2025 ?

Parmi les arbovirus à risque épidémique que nous avons recherchés durant ce projet, nous avons principalement détecté les virus de la Dengue par des tests moléculaires. Nous avons également identifié des virus du Chikungunya, dont la circulation pourrait même être plus importante que celle de la Dengue. En revanche, nos recherches concernant le virus Zika ont montré que très peu de pays ont rapporté des cas. Ainsi, si nous devons établir une priorité parmi les arbovirus les plus présents en Afrique, le Chikungunya et la Dengue apparaissent comme des candidats potentiels pour de futurs risques épidémiques. Grâce à ce réseau et à ces résultats, nous avons également effectué la surveillance génomique de ces virus. Il est important de noter que les différentes souches de ces virus varient d’un pays à l’autre. Or, la souche d’un virus est un facteur déterminant de son pouvoir pathogène, de sa capacité à se répliquer, à se multiplier et à se transmettre.

Il est donc crucial que chaque pays mette en place un système de surveillance de ces virus émergents. Il est essentiel de ne pas transposer directement les résultats d’un pays à un autre, car ces virus présentent des spécificités nationales. Les leçons que nous avons tirées de ce travail nous ont permis d’élaborer une première version de notre politique afin de contribuer à la préparation, à la prévention, à la surveillance et à la réponse à toute future pandémie en Afrique.

Cette note politique a été conçue pour être adressée aux agences de santé publique, notamment en Afrique, telles que l’Africa CDC, l’OMS Afrique, les instituts nationaux de santé publique des différents pays participants, les gouvernements de ces pays, ainsi qu’aux diverses institutions impliquées dans ce projet. L’objectif est de favoriser sa mise en œuvre.

Qu’attendez-vous des gouvernements africains à travers les résultats de ce projet ?

Premièrement, nous souhaitons qu’ils tirent profit de l’expérience acquise avec la technique rapide de PCR, qui est moins coûteuse et facile à appliquer. L’objectif est de généraliser l’utilisation des techniques de diagnostic de ces virus à risque pathogène au sein de nos communautés rurales, auprès des populations vivant en périphérie. Nous savons que la plupart des épidémies et des pandémies débutent dans le milieu communautaire, dans nos villages, dans nos zones périphériques, où l’accès à la PCR est limité. Si nous disposons d’appareils de PCR simples, utilisables avec un simple bain-marie pour obtenir un résultat positif ou négatif, nous pourrons détecter l’agent pathogène à son point d’émergence, dans le village, et agir en conséquence au niveau local pour empêcher sa propagation vers les villes, le pays, voire le monde entier. C’est la première résolution que nous avons adoptée : les grandes villes, les capitales, les grandes métropoles disposent déjà d’appareils sophistiqués de PCR en temps réel. Nous souhaitons compléter cette capacité en équipant les zones périphériques et rurales, où l’accès à l’électricité peut être difficile, avec ces outils de PCR. Ils offrent un service similaire, avec la même efficacité, mais surtout beaucoup plus rapidement à nos communautés, afin que l’Afrique se prémunisse réellement contre tous les risques de futures pandémies.

Deuxièmement, à partir des résultats obtenus, nous souhaitons demander aux dirigeants des pays africains et à l’Union africaine de tirer parti de tous les équipements acquis pendant la COVID-19 pour mener une surveillance génomique en Afrique. Tous les pays africains disposent aujourd’hui d’appareils pour la surveillance génomique, mais ces appareils sont actuellement sous-utilisés. Notre projet Expandia a démontré qu’avec nos appareils, qui sont les séquenceurs les plus simples, appelés nanopores, nous pouvons réaliser la surveillance génomique localement en Afrique et informer le monde entier de ce qui se passe avec les virus à risque épidémique ou pandémique. C’est une deuxième résolution que nous souhaitons adresser à nos leaders africains, afin qu’ils utilisent ces plateformes déjà en place pour les valoriser à moindre coût, sans avoir à acheter d’autres appareils, mais en les utilisant pour poursuivre la surveillance génomique. Ainsi, l’Afrique pourra prendre en main ses propres solutions en matière de problèmes de santé publique pour sa population.

Troisièmement, nous avons constaté que la technique que nous avons développée dans le projet, la PCR rapide en 30 minutes, est une technique qui peut également être fabriquée localement en Afrique. Nous souhaitons donc partir de cette expérience et souligner qu’il serait essentiel que nos pays africains commencent à envisager la fabrication locale de ces tests. Ces tests seraient conçus en fonction des types de virus circulants et seraient donc mieux adaptés à la surveillance des agents pathogènes à risque épidémique ou pandémique en Afrique. Nous pensons que si cela est fait, l’Afrique gagnera de plus en plus en autonomie. Dans ce contexte où l’Afrique commence déjà à affirmer son autonomie et son leadership dans la surveillance des agents pathogènes à risque épidémique et pandémique, nous souhaitons renforcer la collaboration Sud-Sud.

Comment faire pour que l’Afrique progresse de manière autonome dans le domaine de la surveillance épidémiologique ?

La collaboration Nord-Sud a été très importante, mais si nous voulons réellement progresser dans le domaine de la surveillance épidémiologique, nous pensons que la collaboration Sud-Sud doit s’étendre en termes de renforcement des capacités. Les dix pays africains que nous avons vus dans ce réseau d’expansion possèdent une riche expérience. Certains peuvent apprendre des autres pour certains types de détection, et c’est ce que nous voulons mettre en place à travers une collaboration Sud-Sud.

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De plus, il faudrait mettre en place un système de mentorat, une sorte de coaching. Si un pays est plus avancé dans une technologie, un autre pays peut en bénéficier et recevoir un accompagnement pour que tous les pays africains puissent atteindre un niveau comparable.

Ensuite, il y a les jeunes professionnels de santé des différents pays, dont nous souhaiterions voir les connaissances s’échanger. Ayant les mêmes caractéristiques culturelles, nous pouvons plus facilement nous comprendre et nous mettre à niveau par rapport à un contexte différent où il faudrait adopter une culture qui ne correspond pas nécessairement à notre réalité en termes de travail opérationnel. Enfin, nous souhaitons également établir des partenariats avec les universités pour partager ces connaissances avec les jeunes étudiants, les jeunes chercheurs et les enseignants, afin qu’ils se les approprient. Nous envisageons également une collaboration avec le monde de l’industrie afin qu’il puisse tirer parti de ces connaissances pour développer rapidement des produits pharmaceutiques utilisables dans la lutte contre les maladies. En somme, nous espérons que ces travaux contribueront effectivement à alerter l’Afrique, voire le monde entier, sur les risques de pandémie.

Propos recueillis par Junior NTEPPE KASSI